El programa GLI-Ecuador, se inició en 2012 en colaboración con ACNUR, pero se traspasó la gestión del proyecto a OXFAM Italia, con el que la Fundación Probitas firmó un acuerdo de colaboración en 2015. La finalidad del proyecto es ayudar a las poblaciones vulnerables de la zona fronteriza entre Ecuador y Colombia, que huyen de los enfrentamientos y la inestabilidad del país, adaptando un enfoque integral a las necesidades de salud de estas poblaciones. El GLI-Ecuador requirió una actuación de urgencia por el vertido de crudo en las aguas del río San Miguel, lo que impedía el acceso al agua potable convirtiéndose en una emergencia de salud pública. Actualmente se encuentra en su cuarta fase, promocionando otros programas integrales de salud.

Ecuador tiene la mayor población de refugiados de América Latina, principalmente procedentes de Colombia, con la que comparte frontera, ya que el conflicto armado afecta a las zonas más pobres del país desde hace décadas.

El 40% de los refugiados vive en regiones aisladas y poco desarrolladas, como la provincia de Sucumbíos, con grandes daños medioambientales por la explotación de recursos petrolíferos. Esta población cuenta, además, con un limitado acceso al mercado laboral, así como a los servicios sanitarios y educativos, lo que les impide ser autosuficientes e integrarse en la sociedad.

EL GLI-Ecuador está totalmente alineado con la estrategia del Ministerio de Salud Pública de Ecuador y sirve como referencia a la política de refuerzo de la red de laboratorios que el gobierno quiere implementar. El proyecto centra su actividad en tres centros de salud, el centro Puerto del Carmen en Putumayo, con el que la fundación colabora desde 2012, el centro de salud Tarapoa, el centro de San Valentín y el centro Abdón Calderón.

Los objetivos que la fundación quiere alcanzar a través de la implementación del Global Laboratory Initiave (GLI) son: Por un lado, la mejora de las capacidades de diagnóstico en los laboratorios de los centros de salud cercanos a la frontera con Colombia a través del refuerzo de infraestructuras, equipos de laboratorio y formación de personal.  Por otro lado, ofrecer atención sanitaria a los colectivos más vulnerables mediante brigadas fluviales de salud en zonas de difícil acceso.

Durante la primera fase, se elaboró un diagnóstico de la situación después de varios meses de investigación y una misión conjunta con todos los partners, finalmente se identificó la necesidad de:

• Un aumento de la compra de reactivos para los diagnósticos, una mejora de los equipos, la implementación de un sistema informático para la gestión del laboratorio, la creación de una sala de extracción de sangre y la formación del personal en técnicas específicas en el  centro de Salud Puerto del Carmen.
• En el centro de salud de Tarapoa, se ha visto reflejada la necesidad de mejoras en las infraestructuras de los laboratorios, era necesario un destilador de agua y un contador hematológico.
• En Abdón Calderón, se necesita un destilador de agua y un espectrofotómetro automático.

En la segunda fase del proyecto, se mejoraron las infraestructuras e instalaciones y se dotó de equipos de laboratorio al Centro de Salud de Puerto del Carmen.

• Se han mejorado y ampliado las infraestructuras.
• Se ha mejorado el suministro de agua.
• Se ha renovado la red eléctrica con un grupo electrógeno.
• Se han habilitado el mobiliario básico, una sala de espera y una zona de extracción.
• Se han instalado varios equipos en el laboratorio.

Respecto a la tercera fase, se iniciaron acciones para la formación y la capacitación del personal local, con el objetivo de mejorar técnicas específicas y crear una futura autogestión.

• Formación en buenas prácticas de laboratorio y manipulación de muestras.
• Procedimientos analíticos básicos y gestión de laboratorios.
• Interpretación de resultados y gestión de residuos biológicos.

También se han promovido otros programas transversales que afectan a la salud de las comunidades, en su cuarta fase.

• Se ha habilitado un lugar itinerante de salud y brigadas fluviales, para acceder a poblaciones de difícil acceso.
• Se han reparado dos barcazas y se ha dotado de quipos para la realización de campañas médicas.
• Se ha iniciado procesos de participación comunitaria con jóvenes y trabajadoras sexuales.
• Se han realizado actividades de promoción y educación para la salud dirigidas a poblaciones vulnerables.
• Se ha equipado una ambulancia del sub-centro "Unión y Progreso" como clínica móvil.
• Des de la intervención en los laboratorios se ha incrementado un 40% el número de analíticas realizadas en los centros.